近日，中山大学有害生物控制与资源利用国家重点实验室曹永长教授团队发现了一种能够引起仔猪腹泻，对新生仔猪具有高致死性，对生产造成严重危害的新的冠状病毒。相关研究成果于2017年6月27日以“A New Bat-HKU2–like Coronavirus in Swine, China, 2017”为题在国际传染病领域权威期刊《新发传染病》(Emerging Infectious Diseases)上在线发表。
2010年入冬以来，猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异株开始在我国流行，并导致全国范围内的严重爆发，初生仔猪感染后死亡率达90%以上; 随后，可导致仔猪腹泻的新型肠道冠状病毒Delta冠状病毒(PDCoV)也被发现；冠状病毒的高变异特性目前已经成为仔猪腹泻防控的难点，给养猪业造成巨大经济损失，对养猪业的发展形成严重威胁。
2017年初开始，广东部分猪场先后暴发免疫猪群新生仔猪腹泻、死亡的案例，临床发病比PEDV稍晚、死亡率稍低，实验室检测排除了常见的几种猪腹泻相关病毒感染。为快速诊断该疫情的确切病原，曹永长教授团队利用高通量测序技术对死亡仔猪小肠内容物进行检测，发现了一种新的冠状病毒，将其命名为猪肠道α冠状病毒(porcine enteric alphacoronavirus, PEAV)。全基因组序列分析显示PEAV与来源于蝙蝠的HKU2同源性高达95%，其中纤突蛋白的差异性较大。两种病毒的纤突蛋白核苷酸和氨基酸相似性分别只有80%和87%，这很可能是PEAV能够在猪群中传播的关键。通过比较7个保守的关键复制酶的氨基酸序列相似性，确定PEAV与HKU2在病毒学分类中属于同一种病毒。
中山大学生命科学学院博士生龚浪和博士后李杰为论文的共同第一作者，广东温氏食品集团股份有限公司温志芬高级畜牧师和中山大学曹永长教授为论文共同通讯作者。该研究得到了国家重点研发计划的支持。
原文摘要：
We identified from suckling piglets with diarrhea in China a new bat-HKU2–like porcine coronavirus (porcine enteric alphacoronavirus). The GDS04 strain of this coronavirus shares high aa identities (>90%) with the reported bat-HKU2 strains in Coronaviridae-wide conserved domains, suggesting that the GDS04 strain belongs to the same species as HKU2